Das Buch zum Film Free Willy II – Freiheit in Gefahr handelt erneut von Jesse und dessen tierischen Freund Orca Wal Willy. Nachdem Jesse ihn im ersten Teil des Buches bzw. Films aus einem Aquarium in den USA befreien konnte, lebt Willy nun in Freiheit bei seiner Walfamilie. Jesse lebt inzwischen voll integriert bei seiner Pflegefamilie den Greenwoods. Sein Freund Randolph arbeitet inzwischen wieder an der Küste als Naturforscher. Er hat Jesse und die Greenwoods in den Sommerferien zu sich eingeladen. Insbesondere Jesse freut sich sehr auf das Wiedersehen mit Randolph.

Kurz bevor es auf die Reise geht, erhält Familie Greenwood Besuch von Dwight, dem Sozialarbeiter, der Jesse zu dessen Heimzeiten betreut hat und zu dem er gelegentlich immer noch Kontakt hat. Dieser hat eine traurige Nachricht für Jesse, denn er hat herausgefunden, dass dessen Mutter verstorben ist. Darüber hinaus hat er auch noch eine Überraschung für Jesse und die Greenwoods, denn Jesse hat einen Halbbruder. Dwight vereinbart, dass Jesses Halbbruder Elvis, über die Sommerferien bei der Familie leben und auch mit in den Familienurlaub fahren kann. Jesse ist hiervon alles andere als begeistert, denn er will keinen Bruder, sondern hat sich nichts sehnlicher gewünscht, als seine leibliche Mutter wiederzusehen.

Im Gegensatz zum eigentlich zurückhaltenden und höflichen Jesse, ist dessen jüngerer Halbbruder ein Draufgänger mit einer großen Klappe und noch dazu ein Lügner, wie sich später herausstellen soll. Die Familie reist mitsamt Neuzugang Elvis in den Urlaub. Es kommt hier immer wieder zu Spannungen zwischen ihnen und Elvis. Inbesondere die Streitigkeiten zwischen den beiden Jungen sind zahlreich, müssen die beiden sich sogar ein Zelt auf dem Campingplatz teilen. Jesse versucht das beste aus der Situation zu machen und seinen eigenen Weg zu gehen. Er verbringt viel Zeit mit Randolph und lernt auch dessen Nichte Nadine kennen. Die beiden sind ungefähr im gleichen Alter und mögen sich von Anfang an. Jesse fährt häufig mit Randolph und Nadine aufs Meer hinaus. Sie lauschen und beobachten die Orca Wale. Bereits nach kurzer Zeit hören und entdecken sie sogar Willy, der wieder Anschluss an seine Walfamilie gefunden hat und dem es dadurch bestens geht. Elvis ist eifersüchtig, denn er gehört weder bei Jesse, noch bei Annie und Glen richtig dazu. Dies hat er sich jedoch selbst zuzuschreiben, denn er verhält sich allen anderen gegenüber sehr ungehobelt und lügt viel. Seine Lügen sind allerdings derart offensichtlich, so dass er für die anderen zunächst immer unsympathischer wird. Während Jesse, Nadine und Randolph eine gute Zeit miteinander verbringen und Jesse und Nadine sich immer näher kommen, geschieht eine Katastrophe.

Ein Öltanker läuft auf Grund. Durch das Leck gelangt sehr viel Öl in das offene Meer. Die Wale werden nach und nach vom Ölteppich eingeschlossen. Für sie droht es, zu einer tödliche Falle zu werden. Jesse, Randolph und einige weitere Naturforscher versuchen die Wale zu retten. Örtliche Mitarbeiter planen offiziell eine Umsiedlung der Tiere, insgesamt wollen sie diese jedoch an Aquarien verkaufen. Ausgerechnet Elvis hört heimlich zu, als die Mitarbeiter über ihre Pläne sprechen. Da Elvis jedoch ein notorischer Lügner ist, glaubt ihm zunächst niemand. Letztlich wird ihm doch geglaubt und alle versuchen gemeinsam die Wale zu retten. Durch diese Zusammenarbeit und der Wichtigkeit der Situation treten erste Verbesserungen im Verhältnis zwischen Jesse und Elvis auf. Diese reden ein wenig miteinander, auch über die Vergangenheit und ihre gemeinsame Mutter.

Auch wenn Elvis immer noch nicht ganz die Wahrheit sagt und Jesse noch Details verschweigt, fassen die beiden Jungen allmählich Vertrauen zueinander. Jesse, Nadine und Elvis fahren auf eigene Faust mit dem Boot raus, um die Wale in einen sicheren Bereich zu lotsen. Hierbei geraten sie selbst in große Gefahr, denn durch einen unglücklichen Zwischenfall fängt das Öl Feuer und verwandelt die Bucht in ein Flammenmeer, welches die Jugendlichen und auch die Wale immer mehr in die Enge treibt. Die alarmierten Rettungskräfte rücken mit dem Hubschrauber an. Nach einiger Zeit der Suche, können sie das beschädigte Boot und die darin befindlichen Jugendlichen jedoch ausfindig machen. Das Boot ist von dichten Flammen umzingelt. Die einzige Chance Jesse, Nadine und Elvis zu retten, ist diese nacheinander mit einer Seilwinde in den Hubschrauber zu ziehen. Elvis hat große Angst davor aber Nadine und Jesse sorgen dafür, dass er als erster in den Hubschrauber gezogen und somit gerettet wird. Dies gelingt problemlos. Direkt nach Elvis wird Nadine in den Rettungshubschrauber gezogen, auch Ihre Bergung läuft reibungsfrei. Jedoch kommt das Feuer immer näher und die Hitze wird immer größer.

Mehrfach diskutieren Pilot und Copilot des Hubschraubers darüber, ob sie die Rettungsaktion abbrechen müssen oder nicht. Jesse klettert in der Zwischenzeit in die Rettungsschlaufe und wird hochgezogen. Doch auf etwa halbem Weg reißt das Seil und der Junge stürzt in die Tiefe und ins Wasser. Er wirkt einen Moment lang genommen, doch Willy eilt ihm zu Hilfe. Dies ist eine Ähnlichkeit zum ersten Teil, als Jesse durch eine Unachtsamkeit in Willys Bassin gefallen war. Willy gelingt es Jesse zu retten. Auch das Feuer wird nach und nach von den Rettungskräften eingedämmt und gelöscht. So ist es wieder möglich, dass per Boot nach Jesse gesucht werden kann. Da seine Position den Rettungskräften im Hubschrauber bekannt war, gelingt es Randolph, Nadine, Elvis und den Greenwoods schnell Jesse ausfindig zu machen. Alle sind erleichtert, dass sie ihn unverletzt gefunden haben. Jesse bedankt sich bei Willy für die Rettung, verabschiedet sich von ihm und klettert anschließend auf das Boot. Dort unterhalten sich insbesondere die beiden Brüder. Elvis erzählt Jesse von seiner Mutter und schenkt ihm ein altes Foto. Die Greenwoods sind erleichtert über die Entwicklung zwischen den beiden Jungen und beschließen auch Elvis Dauerhaft in die Familie aufzunehmen.